Parafię erygował Kard. Józef Glemp dnia 15 grudnia 1988 z części parafii Świętej Trójcy w Kobyłce. Początkowo kaplica nosiła tytuł Miłosierdzia Bożego, 19 marca 1989 zmieniono go na Św. Kazimierza Królewicza. Pierwsze próby tworzenia ośrodka duszpasterskiego na Stefanówce podjął Ks. Mieczysław Stefaniuk, wikariusz parafii Świętej Trójcy, który w 1969 odprawił kilka Mszy Św. w ogrodzie państwa Szyszków, jednak władze miasta sprzeciwiły się organizowaniu tego typu zgromadzeń.
Dnia 10 kwietnia 1983 mieszkańcy osiedla Kobyłka-Stefanówka napisali do Naczelnika Urzędu Miasta w Kobyłce prośbę o przydzielenie im placu, na którym mogliby postawić punkt katechetyczny. Kuria Metropolitalna i Ks. Kazimierz Konowrocki, proboszcz parafii Świętej Trójcy w Kobyłce, skierowali podobne pisma do Wydziału do Spraw Wyznań w Warszawie. Zgoda na budowę kaplicy i budynku katechetycznego nadeszła 15 kwietnia 1987. Jeszcze w maju władza kościelna wyznaczyła Ks. Zygmunta Wirkowskiego do tworzenia nowej parafii.
Rok później, 7 maja 1988, Ks. Kazimierz Konowrocki odprawił pierwszą Mszę Św. na placu budowy, a Bp Kazimierz Romaniuk poświęcił plac i krzyż. Dnia 16 czerwca 1988 Prezydent Warszawy wydał decyzję o ostatecznym ustaleniu lokalizacji budowy. Bp Marian Duś poświęcił nowo zbudowaną kaplicę 8 września 1989, oprócz funkcji liturgicznej była też miejscem katechizacji. Ks. Zygmunt Wirkowski od jesieni zamieszkał u państwa Antoniaków niedaleko kaplicy. W tym czasie trwały nieustanne starania o zezwolenie na budowę kościoła i plebani, ostatecznie nadeszło 16 sierpnia 1989.
Autorem projektu kościoła jest doc. inż. architekt Andrzej Buchner, konstruktorem - inż. Andrzej Żórawski. 22 października 1991 rozpoczęły się prace, a wiosną gotowe były już fundamenty. Mury Świątyni wznosili wspaniali murarze śp. Kazimierz Sierota i jego syn Waldemar. W maju 1993, podczas wizytacji kanonicznej, Bp Kazimierz Romaniuk poświęcił kamień węgielny (z Ziemi Świętej i katakumb rzymskich) i wmurował akt erekcyjny w tylną ścianę świątyni. 16 kwietnia 1995 (Wielkanoc) Ks. Zygmunt Wirkowski odprawił pierwszą Mszę Św. w kościele, a Bp Ordynariusz poświęcił kościół i poprowadził procesję rezurekcyjną. W maju 1996 sprowadzono z Przemyśla cztery dzwony (Jan Paweł II, św. Kazimierz, Maryja i Miłosierdzie Boże, łączna waga 1090 kg), które jesienią 2001 zawisły na nowej wieży.
W 2007 i następnym 2008 roku z inicjatywy Proboszcza Ks. Bogdana Sałańskiego zmieniło się wiele wewnątrz kościoła. Najpierw powstała Droga Krzyżowa – 14 stacji z drzewa olchowego autorstwa artysty rzeźbiarza Miłosza Płonki. Następnie powstały ołtarze boczne Matki Bożej Nieustającej Pomocy i Miłosierdzia Bożego wymalowane przez artystę malarza Małgorzatę Ziarkiewicz i całkowicie została przemalowana ściana główna z pozłoconymi liliami andegaweńskimi zdobiącymi płaszcz Patrona Parafii Kazimierza Królewicza i Matki Bożej Częstochowskiej. Wkrótce prezbiterium otrzymało nowe profesjonalne oświetlenie, a w zakrystii przeprowadzono remont kapitalny i wstawiono nowe meble na szaty i naczynia liturgiczne. Następnie została zawieszona w ołtarzu głównym rzeźbiona figura Chrystusa autorstwa w/w artysty Miłosza Płonki. w 2011 roku Kościół został odnowiony.
Konsekracji kościoła dokonał Abp Henryk Hoser SAC w niedzielę 30 października 2011 roku podczas uroczystej Mszy św. o godz. 13:00. Podczas Konsekracji kościoła Ks. Arcybiskup poświęcił dwie nowe figury: Matki Bożej i św. Jana Ewangelisty tego samego autora, które zostały zamieszczone pod figurą Chrystusa.
